昨天遇到了这个问题，虽然解决了，但是还是贴出来一下留个底！

File `NONEXISTENT/charsets/?.conf` not found (Errcode: 2)
File `/usr/share/mysql/charsets/?.conf` not found (Errcode: 2)
Character set `＃33` is not a compiled character set and is not specified in the `/usr/share/mysql/charsets/Index` file


解决方法:
先确认phpinfo()里的mysql版本,假如版本和您和正在run的不一样就是有问题了,以本站的例子:本站升级到4.1.7,可是phpinfo ()一直看到的是3.23,必需重新compile PHP一次,./configure加入--with-mysql=/usr指定mysql正确位置,之后确认phpinfo()里的mysql版本。